Sejarah penubuhan Sekolah Menengah Agama Lughatul Quran ( SMALQ ), yang dulunya dikenali sebagai Madrasah Lughatul Quran menyimpan memori yang tersendiri. Segala pengorbanan dan perjuangan pengasasnya menjadi titik tolak kewujudan sekolah yang tersohor di negeri Johor sehingga kini. Dalam kajian soal selidik yang dilakukan oleh Ahli Jawatankuasa Sejarah Sekolah, Madrasah Loghatul Quran diasaskan oleh Allahyarham Syed Idrus Bin Syed Abdullah Al-Habsyee atau panggilan ringkasnya Syed Idrus Al Habsyee (1910 -1973). Panggilan mesranya pula ialah Habib Idrus. Allahyarham dilahirkan di Johor Baharu pada tahun 1910 dalam keluarga Arab yang berasal dari Hadramaut. Ayahnya Syed Abdullah Bin Jaafar Al-Habsyee berhijrah ke Johor dari Hadramaut pada penghujung kurun ke-18 semasa pemerintahan Sultan Abu Bakar kerana menjalankan perniagaan. Allahyarham adalah individu yang bertanggungjawab dalam membina dan mengasaskan Madrasah Lughatul Quran dengan sokongan Pejabat Agama Islam Johor di bawah kelolaan Syed Othman Bin Ali Al-Idrus iaitu Pemeriksa Sekolah-Sekolah Arab Johor dan Tuan Haji Salleh Bin Othman iaitu Pengelola Pelajaran Agama Islam ( Bahagian perhubungan Sekolah-sekolah Agama Rakyat Persekutuan Tanah Melayu). Pada awal pembukaannya, Madrasah Lughatul Quran hanya mempunyai satu kelas sahaja. Kelas ini beroperasi apabila Allahyarham Syed Idrus menumpang satu bilik di madrasah milik Allahyarham Cikgu Mohd. Yassin (bapa Tan Sri Muhyddin Bin Yassin) iaitu Madrasah Saadiah. Namun begitu, keadaan tidak mengizinkan. Allahyarham Syed Idrus telah memindahkan Madrasah Lughatul Quran ke rumahnya sendiri iaitu di nombor 18, Jalan Ibrahim, Muar. Allahyarham telah mengadakan kelas di tingkat bawah rumahnya manakala di tingkat atas, beliau dan keluarganya menetap. Pertambahan pelajar semakin meningkat, lantaran itu Ahli Jawatankuasa Lajnah telah membincangkan pembinaan sekolah untuk pelajar-pelajar. Ahli Jawatankuasa pada ketika itu lebih kurang seramai 15 orang. Ketika itu isteri Allahyarham Syed Idrus amat bermulia hati untuk mewakafkan sebahagian tanahnya untuk dijadikan tapak bangunan Madrasah Lughatul Quran dan sebahagian lagi disewakan. Keluasan tanah itu dari Jalan Ibrahim hingga ke Jalan Meriam. Tanah itu telah diwakafkan pada 13 Rabiulawal 1378 H. Oleh itu, tapak asal pembinaan Madrasah Lughatul Quran yang pertama adalah di Jalan Meriam (bersebelahan dengan Sek. Men. Keb. Sri Muar). Madrasah Lughatul Quran telah dibuka secara rasmi pada 16 September 1959 bersamaan 13 Rabiul Awal 1379 H. Tanah yang telah diwakafkan oleh keluarga isteri Syed Idrus iaitu Sharifah Syifa’ bte Syed Hassan Al-Jufri telah didirikan bangunan yang mengandungi dua kelas iaitu satu kelas untuk pelajar lelaki dan satu kelas untuk pelajar perempuan. Pada ketika itu, rumah Syed Idrus di Jalan Ibrahim telah dijadikan asrama perempuan, manakala rumah Allahyarham Syed Ahmad Bin Syed Idrus Al-Habsyi telah dijadikan asrama sementara untuk pelajar lelaki. Apabila madrasah telah siap dibina, asrama pelajar lelaki telah dipindahkan ke sebuah bilik di bangunan masrasah di Jalan Meriam. Untuk membina bangunan sekolah, Allahyarham bersama-sama dengan beberapa orang rakannya, iaitu Allahyarham Tuan Haji Naim bin Haji Yahya, Allahyarham Dato, Haji Sairan Bin Sabtu’, Allahyarham Hj. Jaafar Bin Ishak, Allahyarham Haji Abd.Rahman Bin Baba (Bapa mertua Haji Abdullah Bin Ibrahim), telah berusaha mengumpulkan derma dengan menjelajah seluruh negeri di Tanah Melayu. Manakala Tuan Haji Abdullah Bin Ibrahim banyak menyumbangkan derma berbentuk wang ringgit, memandangkan beliau menjawat jawatan sebagai Pengarah Kebajikan Masyarakat di Melaka ketika itu. Pernah satu ketika, Allahyarham Syed Idrus bersama rakan-rakannya mengadakan ceramah sehingga ke negeri Kedah. Selesai sahaja ceramah, beliau mengambil serbannya dan membentangkannya di tengah masjid sambil berkata “ Belilah saham akhirat”. Selesai sahaja beliau mengungkapkan kata-kata itu, jemaah masjid terus menghulurkan derma masing-masing dengan rela hati. Ini semua dilakukan adalah untuk memperoleh jariah yang berpanjangan bagi menyediakan tempat untuk masyarakat menuntut ilmu, terutamanya ilmu agama. Hasil kutipan derma ikhlas itu, membolehkan beliau mengumpul duit untuk membina Madrasah Lughatul Quran. Pada masa yang sama, seorang alim iaitu Haji Mohd. Salleh Bin Haji Ahmad (Penolong Pemeriksa Sekolah-sekolah Agama Johor Utara) sudi mewakafkan tanahnya di Parit Buah Keras, Parit Peropok Jalan Temenggong Ahmad, Muar pada 18 Januari 1961 bersamaan 1 Sha’ban 1380 H. Hal ini disebabkan kerana berlaku pertambahan pelajar di Madrasah Lughatul Quran. Oleh itu, pewasiat telah mencadangkan agar ditubuhkan cawangan Madrasah Lughatul Quran untuk pelajar perempuan di Parit Peropok. Namun, hasrat beliau tidak dapat ditunaikan kerana pengasingan madrasah lelaki dan perempuan menyukarkan pihak pentadbiran madrasah untuk mengendalikan urusan pemantauan dan kawalan terhadap pelajar. Kini, tanah wakaf itu berada di bawah pengawasan Majlis Agama Islam Johor (MAIJ) sepenuhnya. Allahyarham Syed Idrus Al-Habsyee berasal dari keturunan Rasullulah S.A.W di Hadramaut merupakan penasihat madrasah, mudir dan tenaga pengajar utama ketika itu. Kumpulan Lajnah pertama bersama-sama dengan Allahyarham Dato’ Sairan Bin Sabtu, Allahyarham Haji Naim Bin Haji Yahya, Allahyarham Haji Jaafar Bin Ishak, Allahyarham Abd.Rahman Bin Baba ( Hj. Dol ) dan beberapa tokoh lagi merupakan rakan dan Ahli Jawatankuasa madrasah yang memperjuangkan penubuhan Madrasah Lughatul Quran sejak awal lagi. Guru-guru yang ada pada ketika itu ialah Syed Alwi, Syed Adam Al-Habsyee, Syed Mustafa Bin Hamzah, Syed Zain, Syarifah Hendon, Syarifah Zaiton dan seorang kerani iaitu Syed Ahmad bin Syed Idrus Al-Habsyee. Satu-satunya guru yang berbangsa Melayu yang berjaya melepasi temuduga ketika itu ialah Ustaz Mokhtar Lopi bin Mohd. Lahum pada bulan Januari 1962. Namun begitu, Ustaz Mokhtar hanya mengajar sehingga tahun 1964. Keadaan ini disebabkan beliau ditawarkan mengajar di Madrasah Saadiah untuk menggantikan seorang guru yang sedang sakit iaitu Ustaz Ikhwan bin Jufri (Ahmad bin Jupre). Kemajuan madrasah terus di pantau oleh Kementerian Pelajaran Kuala Lumpur. Sehingga tahun 1963, pihak kementerian telah melakukan pemantauan sebanyak dua kali. Berikut adalah butiran cacatan yang ditulis dalam BUKU PELAWAT ketika lawatan kali kedua oleh pihak Kementerian Pelajaran.